Zasadniczym tematem Fausta jest nie mające kresu zmaganie się człowieka-geniusza (wybitnej jednostki) ze "skończonością", ludzkimi ograniczeniami. Ów człowiek zdobywa coraz większą wiedzę, staje się coraz mądrzejszy i podczas tego "wznoszenia się ducha" coraz silniej odczuwa ludzką nieudolność. Stąd niekończąca się huśtawka nastrojów tytułowego bohatera: od euforii do przygnębienia.
Życie Fausta określa z jednej strony idealizm, z drugiej zaś ograniczone możliwości śmiertelnika, człowieka poddanego prawom natury, biologii. Mefistofeles przeprowadził go przez różne aspekty, doświadczenia ludzkiego życia, wydarzenia historyczne, zjawiska kultury. Nie zapomniał, w Nocy Walpurgii przedstawić potęgę świata diabelskiego, siłę piekielnych mocy. Faust odwiedził nawet krainę Matek, bogiń, które istniały już przed Bogiem, żyły w mitycznym świecie odwiecznych archetypów. Ta podróż radykalnie go odmieniła, zwróciła uwagę uczonego na nowe wartości. Niekiedy uważa się, że Faust to reprezentant całej ludzkości, który sprawdza się w różnych rolach, szuka w nich samorealizacji i niezmiennie przynosi mu to tylko rozczarowanie. Zwykło się wyróżniać cztery tragedie, jakie przede wszystkim stały się udziałem bohatera tego dramatu:
- uczonego (człowiek nie może do końca poznać świata, każdej jednostce zostały narzucone, pomimo jej wysiłków, granice poznania),
- kochanka (Faust poprzez swój egoizm, egoistyczną miłość doprowadza do tragedii, śmierci Małgorzaty),
- artysty (polegającą na samotności będącej ceną za możliwość doświadczania ulotnych wzlotów ducha - twórczych aktów),
- władcy (działając dla dobra ogółu, musi doprowadzać i do nieszczęść, takie bowiem są nieubłagane prawa ekonomiczne, społeczne, które uniemożliwiają w pełni racjonalne sprawowanie władzy).
Bóg z Fausta to Bóg doby oświecenia, przyrody i geniuszu, wierzący bezgranicznie w człowieka. To zarazem panteistyczna wizja świata, doskonale widoczna w konfrontacji Fausta z Duchem Ziemi (jest on dla bohatera nowym Bogiem).
Problematyka utworu zawiera się w wyżej przedstawionej drodze życiowej Fausta, w jego iluzjach i zmaganiu się z ziemskimi ograniczeniami. Jesteśmy świadkami stopniowego doskonalenia się człowieka, którego wiara w siebie jest następstwem przekonania o przyrodzonej wartości Człowieka. Całość dzieła kończy wspaniała wizja przyszłości.
Z losów Fausta wynika też jasne przesłanie moralne: bohater zostaje zbawiony, gdyż będąc skazany na klęskę nie poddaje się, nie rezygnuje z walki o najwyższe wartości. Łatwo identyfikować się z takim bohaterem literackim - zarówno w momentach uniesienia, jak i rozpaczy.