Powstanie styczniowe było doniosłym i wstrząsającym przeżyciem dla całego pokolenia, z którego później ukształtowali się polscy pozytywiści. Ich program i twórczość literacka stały się odpowiedzią na klęskę walk niepodległościowych w 1863 roku i na późniejsze represje zaborcy. Powstanie wpłynęło również na życie i twórczość Orzeszkowej, o czym świadczą jej słowa w liście do M. Dubieckiego:
Moment ten wywarł na całą przyszłość moją wpływ decydujący. Od niego padła mi na duszę powaga i nigdy całkowicie nie wygasająca żałość, która mię na zawsze odtrąciła od świata blasku, zabaw i pustych wesołości. Ten moment wzniecił we mnie pragnienie służenia Ojczyźnie według miary sił i natury mych zdolności; od jego ognia i od jego łez powstała we mnie ambicja przyniesienia choćby małej cegiełki do tego ratunkowego mostu, po którym naród przejść miał nad szeroko rozwartą pod nim otchłanią. Przyszły potem zwątpienia różne, lecz o idei miłości Ojczyzny i o obowiązku służenia jej nie zwątpiłam nigdy; przyszły potem różne bóle, lecz żaden nie dorównał bólowi nad jej nieszczęściem; przychodziły szeregiem przydługim różne pomysły pisarskie, lecz nie było śród nich ani jednego, który by, jak z pierwszego źródła, nie wytrysnął z myśli o Ojczyźnie. To wszystko uczynił ze mną i we mnie rok 1863. Gdyby nie jego młot i dłuto, losy moje byłyby najpewniej inne i prawdopodobnie nie byłabym autorką.
W dniu wybuchu powstania styczniowego Eliza Orzeszkowa miała niespełna dwadzieścia lat. Już wówczas aktywnie interesowała się sprawami publicznymi, uczestnicząc w rozmowach i dyskusjach na tematy istotne dla narodu polskiego. Była obecna w chwili, w której Romuald Traugutt obejmował dowództwo nad oddziałami powstańczymi. W trakcie walk niepodległościowych pełniła funkcję łączniczki, przewoziła pocztę oraz pomagała w zdobywaniu żywności dla powstańców. Po upadku powstania przez pewien czas ukrywała w swym dworze Traugutta i narażając własne życie przewiozła go do Warszawy. W latach następnych była świadkiem srogich represji zaborcy. Echa tych doświadczeń i obserwacji można odnaleźć w „Nad Niemnem”.
Pamięć o powstaniu styczniowym, ze względu na cenzurę, ukryta została dzięki użyciu języka ezopowego, pełnego symbolicznych odniesień do tych ważnych wydarzeń w dziejach narodu polskiego. Akcja „Nad Niemnem” rozgrywa się w dwóch czasach. Pierwszy z nich to lata osiemdziesiąte XIX wieku, w których żyją bohaterowie dzieła. Drugi, określany mianem czasu mitycznego, jest utrwalony i wciąż żywy w pamięci tych, którzy przeżyli walki wyzwoleńcze i wyraźnie determinuje ich aktualne życie. W popowstaniowej rzeczywistości egzystują dwa pokolenia Polaków. Do pierwszego należą: Benedykt i Dominik Korczyńscy, Andrzejowa Korczyńska, Marta i Emilia, Kirłowie i Darzeccy oraz Anzelm Bohatyrowicz. Dla nich powstanie styczniowe było ważnym i przełomowym przeżyciem i na zawsze pozostało w ich wspomnieniach. Reprezentantami drugiej, młodszej, generacji są: Witold Korczyński, Jan Bohatyrowicz, Justyna Orzelska i Zygmunt. Dorastali oni w czasach represji zaborcy po klęsce powstania i choć sami nie byli świadkami krwawych walk, to również miały one wpływ na ich życiowe wybory.
Powstanie styczniowe bezpośrednio zdeterminowało życie rówieśników Benedykta. W roku 1863 Andrzej, Dominik i Benedykt Korczyńscy oraz Jerzy i Anzelm Bohatyrowiczowie brali czynny udział w przygotowaniach do walk i żywo interesowali się sprawami narodowymi. Łączyły ich wspólne idee demokratyczne, które zatarły różnice stanowe między ziemiaństwem a zaściankiem i zjednoczyły ich w dążeniu do tego samego celu. Ramię w ramię walczyli w powstaniu, w którym polegli Jerzy i Andrzej, spoczywając w jednej mogile w głębi nadniemeńskiego lasu. Obraz tragicznych walk narodowowyzwoleńczych wyłania się ze wspomnień tych, którzy je przeżyli oraz z opowiadań Anzelma Bohatyrowicza.
Klęska powstania wpłynęła na dalsze dzieje bohaterów powieści. Dominik dostał się do niewoli i z biegiem lat wyrzekł się swej narodowości i języka ojczystego, robiąc karierę w carskiej administracji. Anzelm podupadł na zdrowiu i pogrążył się w melancholii, rozpamiętując klęskę narodu i własną, ponieważ ze względu na niskie pochodzenie społeczne został odrzucony przez ukochaną kobietę. Benedykt utracił dwóch braci i to na niego spadł trudny obowiązek utrzymania rodowego majątku. Początkowo co prawda stała się szerzyć oświatę, lecz przytłoczony drastycznymi rozporządzeniami zaborcy, wycofał się ze swej działalności i popadł w stagnację. Nadrzędnym celem swojego życia uczynił zachowanie gospodarstwa, w czym widział możliwość przetrwania własnego narodu. Wraz z upływem czasu czuł się coraz bardziej osamotniony i zgorzkniały. Klęska powstania zniszczyła również nic porozumienia pomiędzy ziemiaństwem a szlachtą zagrodową, doprowadzając do konfliktu Korczyńskich z Bohatyrowiczami.
Powstanie odcisnęło również piętno na życiu bohaterek powieści Elizy Orzeszkowej. Marta odrzuciła miłość Anzelma, obawiając się kpin krewnych i ciężkiej pracy na roli. Stała się przez to rozgoryczoną, nieszczęśliwą kobietą, wspierającą brata w utrzymaniu rodowej ziemi. Emilia Korczyńska odizolowała się od świata zewnętrznego i stworzyła swój własny, niezwykle hermetyczny i ograniczony do ścian salonu. Dla wdowy po Andrzeju Korczyńskim pamięć o powstaniu stała się świętą i wiązała się z bolesnymi wspomnieniami o utraconej miłości. Kobieta zawsze starała się okazywać zrozumienie dla poglądów męża, a po jego tragicznej śmierci postanowiła dochować wierności jego ideałom, przekazując je jedynemu synowi. W porę nie zauważyła jednak, że rozpieszczony i zmanierowany Zygmunt tak naprawdę nie zna historii swego narodu i gardzi powstańczą tradycją, która pozbawiła go rodowego dziedzictwa.
Młode pokolenie bohaterów „Nad Niemnem” nie uczestniczyło bezpośrednio w walce o niepodległość Polski, lecz powstanie styczniowe wywarło znaczący wpływ także na ich losy i życiowe decyzje. Jan Bohatyrowicz, syn Jerzego, w roku 1863 był małym chłopcem, żegnającym ojca odchodzącego do powstańczego oddziału. Doskonale zapamiętał serdeczną przyjaźń, łączącą jego ojca z Korczyńskimi. Po klęsce powstania był świadkiem powrotu Anzelma do domu. To on zaniósł wiadomość o tragicznych losach Andrzeja i Dominika do dworu i widział rozpacza Andrzejowej i Benedykta. Przeżycia te sprawiły, że przedwcześnie dojrzał emocjonalnie i jako jeden z nielicznych czcił pamięć o poległych, odwiedzając Mogiłę.
To właśnie Jan opowiedział Justynie o krwawych wydarzeniach, które rozegrały się w nadniemeńskim lesie. Dla Orzelskiej znajomość z mieszkańcami zaścianka stała się przełomowym momentem jej życia. Dzięki niej poznała prawdziwą wartość pracy, odnalazła sens swej egzystencji i uświadomiła sobie znaczenie spraw narodowych oraz nauczyła się szacunku wobec tradycji. Najbardziej świadomym dziedzictwa powstania był Witold Korczyński. Syn Benedykta nie potrafił zrozumieć postawy ojca, sądząc, iż zapomniał on o ideałach, w imię których polegli Andrzej i Jerzy. Doskonale znał wartość demokratyzmu, odczuwał potrzebę interesowania się sprawami ludu i szerzenia oświaty. Był gotów do poniesienia największej ofiary dla ojczyzny i jej wolności. Wyrazicielem słów potępienia dla postania był Zygmunt Korczyński, który nie odczuwał wspólnoty z własnym narodem. Pragnął wyjechać za granicę i namawiał matkę do sprzedaży majątku. Dla niego udział ojca w powstaniu był czynem szaleńca, zupełnie pozbawionym sensu, za który konsekwencje musiał ponieść on, jako syn powstańca.
Symboliczny charakter ma powstańcza Mogiła w głębi nadniemeńskiego lasu, w której spoczywają Jerzy i Andrzej wraz z czterdziestoma towarzyszami broni. Bezimienny grób, odwiedzany sporadycznie i w tajemnicy przez Benedykta i Andrzejową, jest świadectwem bohaterstwa powstańców i przypomina o ideałach, w imię których walczyli i zginęli. Jest pamięcią o takich wartościach, jak: wolność, walka, równość społeczna, demokratyzm i współpraca, które zawsze powinny być najważniejszym priorytetem dla Polaków. Wartościom tym pozostali wierni Bohatyrowiczowie, którzy bez względu na zakaz władz carskich opiekują się Mogiłą.
Eliza Orzeszkowa ukazała w „Nad Niemnem” społeczeństwo okaleczone klęską powstania styczniowego, zastraszone represjami zaborcy i pozbawione możliwości swobodnego wyrażania własnych myśli i przekonań. Liczne odwołania do czas walk narodowowyzwoleńczych i rozbudzonych nadziei, wskazują, że jest to czas nadal żywy w pamięci tych, którzy przeżyli powstanie i determinujący ich aktualne życie. Z powieści wyłania się wyidealizowany obraz powstania, którego idee powinny stanowić wzór dla tych, którym przyszło żyć w trudnej dla narodu polskiego rzeczywistości. W odczuciu większości bohaterów utworu jest to czas święty, przechowywany w pamięci jako najwyższa wartość.