1. Losy Mary Lennox – Mary Lennox urodziła się w Indiach. Tuż po urodzeniu została oddana na wychowanie hinduskiej niani, która musiała spełniać każde jej żądanie. Dziewczynka dorastała, otoczona służbą i luksusem. To sprawiło, że stała się dzieckiem samolubnym, niezdolnym do okazywania wrażliwości, kapryśnym, niesympatycznym i chorowitym. Po śmierci rodziców, którzy padli ofiarą epidemii cholery, zamieszkała w Anglii, w posiadłości, należącej do wuja, pana Archibalda Cravena. Osamotniona i pozbawiona usługującej jej we wszystkim służby, musiała nauczyć się samodzielności. Z czasem okazało się, że ponury i ogromny dom, otoczony licznymi ogrodami, kryje w sobie wiele tajemnic. Jedną z nich był opuszczony ogród, zamknięty od dziesięciu lat, od dnia, w którym zmarła ukochana żona pana Cravena. Pobyt w Misselthwaite odmienił dziewczynkę. Dzięki przebywaniu na świeżym powietrzu, odzyskała apetyt i zdrowie. Pod wpływem Marthy zmieniła swój stosunek do ludzi, których zawsze traktowała z wyższością. Odnalazła tajemniczy klucz do tajemniczego ogrodu, który stał się dla niej miejscem wyjątkowym. Zaprzyjaźniła się z bratem Marthy, Dickiem i razem z nim zaczęła opiekować się ogrodem, powoli przywracając go do życia. Odkryła również kolejną tajemnicę domu. Pewnej nocy dowiedziała się, że w domu przebywa również dziesięcioletni syn wuja, Colin. Chłopiec, żyjący w nieustannym lęku przed chorobą i śmiercią, przez wiele lat izolował się od ludzi. Mary przekonała go, że ma szansę wyzdrowieć i zabrała go do tajemniczego ogrodu.
2. Losy Archibalda Cravena – w młodości Archibald Craven był mężczyzną zgorzkniałym i nieszczęśliwym z powodu przygarbionych pleców. Jego życie odmieniło się w dniu, w którym poślubił Lilias, odnajdując u jej boku prawdziwe szczęście i radość. Urządził dla żony przepiękny ogród kwiatowy, w którym spędzali wiele czasu, przygotowując się do narodzin pierwszego dziecka. Pewnego dnia doszło do tragicznego wypadku. Odłamany konar drzewa spadł na siedzącą na ławce panią Craven. Kobieta zmarła następnego dnia, wydając na świat syna. Oszalały z bólu i rozpaczy pan Craven nie mógł pogodzić się z myślą, że utracił żonę, a dziecko przeżyło. Nie chciał, aby ktokolwiek wchodził do ogrodu żony, z którym wiązały się bolesne wspomnienia i zamknął prowadzącą do niego furtkę, a klucz zakopał głęboko w ziemi. Przez wiele dni nie potrafił zbliżyć się do synka, który żył pomimo obaw lekarzy. Wraz z upływem lat Colin stawał się coraz bardziej podobny do matki, lecz był dzieckiem wątłym, nerwowym i histerycznym. Pan Craven rzadko go odwiedzał, choć zapewniał mu odpowiednią opiekę i kupował wszystko, czego zapragnął. Coraz częściej opuszczał dom, uciekając przed przytłaczającym smutkiem. Nie czuł się ojcem i nie potrafił obdarzyć chłopca szczerą miłością. Równie obojętnie podszedł do opieki nad Mary, którą uważał za swój obowiązek wobec krewnych. Pewnego dnia poczuł, że zaczyna odczuwać radość i powoli odnalazł duchową równowagę. Pod wpływem snu, w którym ukochana żona przywoływała go do ogrodu i listu od pani Sowerby, zdecydował się po wielu miesiącach nieobecności wrócić do domu. Obawiał się jednak, że jest już za późno, aby odbudować relacje z synem. Okazało się, że podczas jego podróży, chłopiec, dzięki pomocy Mary i Dicka, wrócił do zdrowia. Po wielu latach pan Craven przekroczył ponownie furtkę, wiodącą do tajemniczego ogrodu i wzruszony, ze łzami w oczach, wysłuchał opowieści o magii tego miejsca.
3. Losy Colina – Colin był jedynym dzieckiem państwa Cravenów. Jego matka zmarła przy porodzie. Chłopiec był dzieckiem wątłym, chorowitym i lekarze nie dawali mu większych szans na przeżycie. Wbrew tym opiniom przeżył, lecz stał się dzieckiem słabym, hipochondrycznym i histerycznym. Ojciec, nie potrafiący obdarzyć go szczerą miłością, zapewnił mu wszystko: właściwą opiekę, piękne zabawki i służbę, która musiała spełniać każde żądanie malca, ponieważ wszelkie zdenerwowanie wywoływało napady wściekłości i osłabiało go. Z czasem Colin zamknął się w swoim pokoju, przez całe dnie leżąc, przekonany, że będzie kaleką i wkrótce umrze. Nie chciał, aby inni widzieli go i litowali się nad nim. Był samotny, nieszczęśliwy, a dorosłych traktował z wyższością. Przez jakiś czas miał założony specjalny gorset, lecz lekarz, sprowadzony z Londynu, uznał to za zbyteczne i zalecił chłopcu przebywanie na świeżym powietrzu. Jego życie odmieniło się w chwili, kiedy poznał Mary. Pod wpływem dziewczynki zaczął częściej uśmiechać się i uwierzył, że będzie zdrowy. W tajemnicy przed wszystkimi razem z Mary i Dickiem spędzał czas w ogrodzie, stopniowo odzyskując siły i stając się zdrowym, w pełni sprawnym chłopcem. Dzięki temu odzyskał miłość ojca.
4. Tajemnica ogrodu – przed dziesięcioma laty ogród należał do pani Craven. Po tragicznym wypadku pan Craven nie potrafił pogodzić się ze śmiercią żony i zabronił komukolwiek wchodzić do ogrodu. Zamknął furtkę i zakopał klucz do niej, pozwalając, aby opuszczony ogród obumarł. Jego polecenia nie wypełnił Ben Weatherstaff, ogrodnik pani Craven, który każdego roku przechodził przez mur i pielęgnował ukochane róże kobiety. Tajemnicę, wiążącą się z zapomnianym ogrodem, odkrywa Mary Lennox. Dziewczynka odnajduje klucz i postanawia przywrócić życie w ogrodzie. Wraz z Dickiem porządkuje kwietniki. Wkrótce w ogrodzie zjawia się również Colin. Chłopiec wierzy, że ogród jest miejscem magicznym, dzięki któremu odzyska zdrowie. W ogrodzie dochodzi do spotkania pana Cravena z synem.