Utwór stanowi krytykę dążeń imperialnych, podboju i zniewalania ludności z krajów kolonialnych, w imię postępu i niesienia cywilizacji. Kolonizatorzy ukazani zostają jako ludzie myślący jedynie o własnych korzyściach. ‘Włożeni’ w warunki pierwotne, zapominają o człowieczeństwie, o humanitarnym traktowaniu innych ludzi. Czując władzę nad ludnością kolonialną, w bezlitosny sposób eksploatują zarówno ich, jak i środowisko naturalne.
Biali ludzie okazują się bardziej nieludzcy, niż rdzenni mieszkańcy Afryki. Kierują się przekonaniem, że z dala od domu, z dala od cywilizacji są samowolni i bezkarni. W tym świecie wygrywa ten, kto jest silniejszy, bardziej wytrzymały.
Utwór można odczytać jako nie tylko jako krytykę okrutnych praktyk kolonizacyjnych, ale także jako atak na każdy system, który zniewala niewinnych ludzi.
Portret tyrana
Ucieleśnieniem całego cywilizacyjnego zła jest w opowiadaniu postać Kurtza. Ma on w utworze właściwości przywódcy, istoty o cechach nieomal boskich. Stanowi symboliczny portret tyrana.
Cały system Kurtza opiera się na pięknie sformułowanych hasłach, na fałszywych i kłamliwych ideach. Kwestia jego „wielkości” w dużej mierze sprowadza się do legendy, jaka krąży wokół jego osoby. Sam Marlow ulega głosom ludzi, którzy - co i raz w utworze –świadczą o jego wyjątkowości. Narrator przejmuje tym sposobem ich punkt widzenia. Kilka razy zaświadcza o tym, że Kurtz jest wyjątkowy. Słowa te stanowią obiegową opinią o kolonizatorze. Narrator wie, jak naprawdę wyglądała afrykańska działalność Kurtza. Jego postać stanowi symbol, a jego charakterystyka jest raczej uboga, gdyż składają się na nią ciągle powtarzające się opinie: jest wyjątkowy, niepospolity, wielki itp. Kurtz jest symbolicznym portretem dyktatora, który przypisuje sobie nadludzką władzę, nie kieruje się żadnymi zasadami moralnymi. Oszukuje siebie samego i innych, sloganami stara się usprawiedliwić swoje okrucieństwo. W raporcie, który przygotował dla Międzynarodowego Towarzystwa Dzikich Obyczajów, ujawnił swoje prawdziwe motywy działania: „Wytępić te wszystkie bestie!” Umierając, wymawia swoje ostatnie słowa: „Zgroza!Zgroza!” Można je interpretować jako podsumowanie jego działalności kolonizatorskiej; być może nieświadomy przebłysk szczerości wobec samego siebie i swojego życia.
Wielogłosowość
Dlatego możemy mówić o wielogłosowości (czyli wielości głosów) w tej powieści. Głosy różnych postaci przenikają się. Nigdy nie możemy być do końca pewni ich autentyczności. Cała postać Kurtza zbudowana jest na zasadzie głosów – tych wydanych o nim oraz tych, które płyną od niego samego.
Poznanie siebie oraz innych
Opowiadanie porusza kwestię tego, na ile możliwe jest poznanie drugiego człowieka. Ukazuje w jaki sposób budujemy naszą wiedzę o ludziach. Marlow, zafascynowany postacią Kurtza, próbuje ułożyć jego obraz w całość. Jednakże jak wynika z powieści, w życiu wiele spraw pozostaje do końca tajemnicą. Niekiedy trudno jest dotrzeć do prawdy:
Czasami im więcej wiemy, tym więcej ogarnia nas wątpliwości. W Jądrze ciemności tych tajemnych (wymykających się pełnej próbie opisów) elementów jest wiele: tajemniczy i nieodgadniony jest kontynent Afryki; niewiele wiemy o samym narratorze, tajemnicza jest wreszcie postać Kurtza. O Kurtzu wiemy tylko tyle, ile przekazał nam Marlow.
Podróż
Tematem powieści jest także podróż. Jest to podróż nie tylko polegająca na wędrówce, na zmianie miejsc:
„przenikaliśmy wciąż głębiej i głębiej w jądro ciemności”.Podróż ta przypomina miejscami Piekło, część Boskiej komedii Dantego. Ciemność, ból i rozpacz, z jaką Marlow spotyka się podczas podróży, jest obrazem Inferno (wł. – piekło)
Jest to także podróż poznawcza. Weryfikuje ona poglądy bohatera o świecie, ludziach oraz nim samym. Jak powiedział Marlow, znaczenie jego podróży polegało na tym, że rzuciła ona
„(...) jak gdyby pewien rodzaj światła na to, co mnie otaczało, i na moje myśli”.Podróż ta w pewnym stopniu rozjaśnia to, co w życiu tajemnicze. Jednakże tylko w części, gdyż dusza ludzka jest nieodgadniona i nie jesteśmy w stanie do końca poznać i zrozumieć siebie oraz innych.