Świat bohaterów powieści jest światem przepełnionym złem – światem, który obnaża w sposób przerażająco realistyczny nędzę życia klasy pracującej. Autor wiernie odtwarza warunki życia i pracy robotników z Warszawy, chłopów z Cisów oraz górników z Zagłębia. Jest to świat widziany oczami wykształconego lekarza, który doskonale zdaje sobie sprawę z tego, gdzie tkwią źródła zła. Domy tych ludzi przypominają nory, ich praca jest ponad siły, wyniszczająca organizmy. Umierają oni w wieku trzydziestu lat, fizycznie będąc już starcami. Zło nie kończy się w chwili ich śmierci – zostaje przekazane dzieciom, które powielają model biedy. Judym zna doskonale realia życia biednych, ponieważ sam wywodzi się z tej klasy. I tylko ten, który to przeżył i widział, potrafi w pełni zrozumieć krzywdę społeczną.
Żeromski wskazuje przyczyny tego zła. Mają one podłoże społeczne, historyczne i egzystencjalne. Nędza ludzi w dużej mierze wynika z obojętności klas posiadających. Warszawscy lekarze nie czują potrzeby podjęcia walki z chorobami ludzi ubogich, nie chcą podjąć próby polepszenia ich warunków bytowych. Są lekarzami ludzi bogatych, a swój zawód sprowadzają do korzyści materialnych. Zarząd zakładu leczniczego w Cisach nie widzi konieczności osuszenia stawów, które powodują malarię u chłopów z folwarcznych czworaków, ponieważ to pociągnęłoby za sobą dodatkowe koszty. Nie zwracają też uwagi na to, że szlam zostaje spuszczony do pobliskiej rzeczki, z której chłopi biorą wodę do picia.
Zło tkwi również w historii Polski – kraju pod zaborami. Losy Wacława, brata Joasi Podborskiej, umierającego na zesłaniu odzwierciedlają losy tych, którzy stawili opór zaborcy i zostali pozbawieni domu-ojczyzny. W życiu człowieka także tkwi zło – jest ono wypełnione cierpieniem i zakończone śmiercią, która jest nieuniknionym elementem ludzkiego losu. Śmierć zabiera panią Daszkowską, która pragnie żyć dla swoich dzieci. Samobójczą śmiercią kończy się życie Korzeckiego, który nie potrafił pogodzić się ze złem tego świata. Z tych przyczyn zła wynika system wartości, który uwidacznia się podczas rozmowy Korzeckiego z młodym Kalinowiczem. System, w którego centrum zawsze powinien stać człowiek. Najpełniej oddają go słowa wypowiedziane przez inżyniera:
„Złe niewątpliwie jest tylko jedno: krzywda bliźniego. Człowiek – jest to rzecz święta, której nikomu krzywdzić nie wolno. Wyjąwszy krzywdy bliźniego, wolno każdemu czynić, co chce. (…) Granica krzywdy leży w sumieniu, w sercu ludzkim. (…) Miłość między ludźmi należy siać jak złote zboże, a kąkol nienawiści trzeba wyrywać i deptać nogami. Czcij człowieka… - oto nauka. (…) Człowiek, który utożsamił się z prawdą, musi czuć radość, rozkosz, wtedy nawet, gdy został pobity”.
Pisarz podkreśla szczególnie ważne obowiązki moralne inteligencji. Jest to klasa o wyjątkowej pozycji społecznej, uświadomiona, znająca zdobycze nauki, co zobowiązuje ją do podjęcia walki z krzywdą społeczną. Joasia Podborska, przedstawicielka zubożałej szlachty, podejmuje próbę zadośćuczynienia krzywdom, wyrządzonym przez własną klasę. Wrażliwa na ludzkie nieszczęście, chce przeznaczyć swój pokój na szpitalik dla chorych na malarię dzieci. Judym, wywodzący się z nizin społecznych, czuje obowiązek spłacenia długu wobec swojej klasy. Właśnie z poczucia obowiązku rezygnuje z prywatnego szczęścia.
W centrum problematyki moralnej „Ludzi bezdomnych” pozostaje dochowanie wierności ideałom w obliczu obojętności i oporu środowiska i wobec tragicznego wyboru między osobistym szczęściem a podjęciem walki z krzywdą społeczną. Takim próbom zostaje poddany główny bohater utworu. Doktor Judym pozostaje nieugiętym, choć środowisko warszawskich lekarzy odrzuciło go i wykpiło projekt walki z nędznymi warunkami higienicznymi najuboższych.
Równie zdecydowanie stara się forsować swoje propozycje polepszenia warunków bytowych chłopów w Cisach. W chwili, kiedy widzi, że szlam ze stawów zatruwa wodę pitną we wsi, unosi się w gniewie i zaostrza konflikt z zarządem zakładu leczniczego. Czyni tak, ponieważ nie mógł postąpić inaczej. Zrywa zaręczyny z Joasią, poświęcając marzenia o rodzinie i szczęściu u boku ukochanej kobiety, gdyż jest świadomy, że z czasem zapomniałby o swoim obowiązku wobec biednych i stałby się zwykłym dorobkiewiczem, niewrażliwym na ludzką krzywdę.
Powieść Stefana Żeromskiego jest przykładem literatury moralistycznej. Uświadamia, że każdy człowiek jest osobiście odpowiedzialny za zło świata. Nie poucza, lecz zmusza do głębszego zastanowienia się nad pojęciem ludzkiej krzywdy i wyciagnięcia odpowiednich wniosków.