1.Wątek kryminalno-detektywistyczny – jest to główny wątek powieści Kornela Makuszyńskiego. Adaś Cisowski, zaskakujący wszystkich zdolnością rozwiązywania rozmaitych zagadek, na prośbę profesora Gąsowskiego podejmuje się wyjaśnienia tajemniczych wydarzeń, które miały miejsce w rodowym dworze profesora. Tak rozpoczyna się szereg przygód chłopca, chwilami niebezpiecznych, ponieważ przeciwnicy są zdolni nawet do zbrodni. Adaś odkrywa, że tajemnica związana jest z wydarzeniami, które miały miejsce w roku 1813 i zostały opisane w pamiętniku księdza Koszyczka, odnalezionym na strychu. Stopniowo odnajduje kolejne wskazówki napoleońskiego oficera, które doprowadzają go do skarnu, ukrytego w dziupli starego dębu.
2.Wątek miłosny – młodzieńcze uczucie rodzi się między Adasiem a Wandą Gąsowską. Chłopiec, zauroczony śliczną dziewczyną, zgadza się wyjechać na wieś, by podjąć się rozwiązania tajemnicy, związanej ze starym dworem. Piękna panna podziwia Cisowskiego i bezgranicznie wierzy w jego zdolności.
3.Wątek historyczny – rozwiązanie zagadkowych wydarzeń, które miały miejsce w rodowym majątku rodziny Gąsowskich ma swoje korzenie w wydarzeniach z czasów wojny francusko-rosyjska oraz w okresie powstania styczniowego. W roku 1813, kiedy Polska była pod zaborami, a uciemiężeni Polacy wiązali ogromne nadzieje na odzyskanie niepodległości z działaniami cesarza Napoleona, w majątku pojawili się dwaj napoleońscy żołnierze, którzy zdołali przeżyć klęskę wojsk francuskich. Jeden z nich, Kamil de Berier, przeczuwając, że nie zdoła wrócić do ojczyzny, ukrył w dziupli dębu klejnoty, które zdołał ocalić z wojennej zawieruchy. Napisał list do swego brata, zamieszczając w nim pierwszą wskazówkę, która miała naprowadzić go na ślad klejnotów. Z wydarzeniami z roku 1863 łączy się historia, opowiedziana przez księdza Kazuro. Proboszcz opowiedział Adasiowi losy młodego księdza, który przyłączył się do walk powstańczych i ranny, znalazł schronienie w domu Gąsowskich. W obawie przed Moskalami został on przeniesiony na plebanię na starych drzwiach, na których Adam odnalazł kolejną wskazówkę.
4.Dzieje majątku rodziny Gąsowskich – wieś Bejgoła i dwór należały do szlacheckiej rodziny Gąsowskich od wielu pokoleń. Zarządzanie majątkiem objął młodszy brat profesora Gąsowskiego – Iwo, mężczyzna nieroztropny i skupiony przede wszystkim na matematycznych wyliczeniach, które prowadził od wielu lat, mając nadzieję, że rozwiąże pewne skomplikowane równanie. Wszystkie obowiązki spadły na jego żonę, która nie potrafiła jednak zaradzić wszystkiemu i dwór, obciążony długami, powoli upadał. Pomoc finansowa ze strony profesora Gąsowskiego była niewystarczająca. Iwo Gąsowski uświadamia sobie swą nieudolność w chwili, kiedy brat mówi mu o jego nierozwadze, prosząc, by strzegł ich rodowego majątku i przestał marzyć o matematycznej sławie. Mężczyzna pali swoje dokumenty i postanawia zająć się prowadzeniem gospodarstwa. Majątek przed ostatecznym upadkiem ocalił odnaleziony przez Adama Cisowskiego skarb.