Pierwsze egzemplarze W pustyni i w puszczy ukazały się przed wigilią 1911 roku, stając się natychmiast ulubionym prezentem pod choinkę. Wcześniej powieść była drukowana w odcinkach w wielu pismach, np. "Kurierze Warszawskim", "Dzienniku Poznańskim", "Słowie Polskim", a także w "Dzienniku Chicagowskim".
Pisarz, który miał już na swoim „koncie” kilkoro dziecięcych bohaterów (m.in. postacie z nowel: Orso; Janko Muzykant), korzystał w czasie prac nad fabułą utworu z niezwykłych konsultacji. Jego „ekspertką” była 9-letnia Wanda Ulanowska – przybrana córka profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego Bolesława Ulanowskiego, który prywatnie był oddanym przyjacielem Henryka. Pisarz aż do śmierci korespondował z Wandzią. Gdy przysyłał jej czekoladki, podpisywał karteczkę jako „Staś Tarkowski”. Dziewczynka była pierwowzorem Nel.
Pierwotnie powieść, która powstała w wielu miejscach (podczas pobytu Sienkiewicza w uzdrowisku Baden pod Zurychem w Szwajcarii, gdzie leczył się z malarii, w Oblęgorku, w licznych miastach Włoch, w Warszawie, w Krakowie, w Wiedniu, w Paryżu) i była efektem jego miłości do Afryki, którą zwiedził dwadzieścia lat wcześniej (w 1890 roku) i opisał w Listach z podróży do Ameryki, miała nosić tytuł Przygody dwojga dzieci w środkowej Afryce. W jednym z licznych listów Sienkiewicza czytamy interesującą wzmiankę dotyczącą bohaterów książki:
Będzie tam występował chłopiec Polak, dziewczynka Angielka, a prócz tego Beduini, Arabowie, Murzyni – ludożercy, nie licząc słoni, krokodylów, lwów, hipopotamów etc.Ideą przyświecającą autorowi Trylogii było marzenie, by najnowszy utwór był nie tylko uciechą dla dzieci, lecz także dla ich rodziców. Jego wzorem był w tamtych latach Rudyard Kipling, autor Księgi dżungli.