W pustyni i w puszczy nie powinna być uważana za powieść historyczną. Powstanie mahdystów, wokół którego grupują się główne wątki przygodowe, jest zaledwie dowolnie potraktowanym tłem głównych wydarzeń. Autor był w Afryce w kilka lat po zakończeniu powstania, a pisał swoją opowieść w ćwierć wieku po jego upadku, pisze Wiesław Kot – krytyk literacki i filmowy o tle historycznym powieści.
Pierwszym ważnym procesem historycznym widocznym w tle powieści jest z pewnością budowa Kanału Sueskiego, dzięki której doszło do spotkania panów Tarkowskiego i Rawlisona. Budowa rozpoczęła się 25 kwietnia 1859 roku, a jej pomysłodawcą, a raczej osobą, która odświeżyła jej plany, był pracownik francuskiego konsulatu w Aleksandrii Ferdynand de Lesseps. Jak pisze Kot: Do budowy wciągnięto egipskich fellachów, ale Towarzystwo [Światowe Towarzystwo Morskie Kanału Sueskiego] wypłacało im tylko 20% wartości ich pracy. Tymczasem odbywała się ona w morderczych warunkach, a zatrudnieni kopacze piasku pustyni masowo umierali z wyczerpania. Nadzór nad nimi prowadziło wielu inżynierów z całej Europy, także z Polski”. Najbardziej znanym z polskich inżynierów pracujących przy budowie Kanału Sueskiego był Mieczysław Geniusz, który po ukończeniu budowy dostał posadę dyrektora wodociągów miejskich w Port Said. Niektórzy z badaczy uważają, że to właśnie Geniusz, którego Sienkiewicz znał osobiście, był pierwowzorem ojca Stasia. 20 listopada 1869 roku odbyła się uroczysta ceremonia otwarcia Kanału Sueskiego. Wtedy jeszcze Egipt znajdował się pod kontrolą francuską, jednak gdy okazało się, że nowopowstały przesmyk znakomicie spełnia swoje zadanie (krótsza droga do Indii) natychmiast zainteresowali się nim Anglicy. Brytyjczycy wykupili część akcji od władcy Egiptu Ismaila Paszy, stając się drugim co do wielkości akcjonariuszem nowego szlaku. W lipcu 1882 roku, czyli trzy lata przed rozpoczęciem się akcji W pustyni i w puszczy, Anglicy dokonali inwazji na Egipt i zajęli siłą Kanał Sueski. Brytyjczycy sprowadzili do Port Said inżynierów, których zajęciem miała być modernizacja i konserwacja budowli. W powieści do tych właśnie inżynierów należeli panowie Rawlison i Tarkowski. Angielskie wojska okupowały wówczas Egipt, w którym do głosu dochodziły frakcje walczące o niepodległość tego afrykańskiego państwa. W sposobie traktowania Egipcjan przez panów Tarkowskiego i Rawlisona, zwłaszcza tego drugiego, widać stosunek Wielkiej Brytanii do swoich państw kolonialnych: Obaj inżynierowie wyjechali nazajutrz na noc do Kairu, gdzie mieli odwiedzić rezydenta angielskiego i być na posłuchaniu u wicekróla. Chodzi tu o tzw. politykę rządów pośrednich polegającą na wykorzystywaniu istniejących już organów państwowych i narzucanie im swojej polityki, przez co zachowywały one pozory wykonywania władzy.
Ciekawego spostrzeżenia dokonał badacz literacki Wiesław Kot: Bardzo prawdopodobne, o czym jednak Sienkiewicz nie wspomina, że Tarkowski i Rawlison pozostawali (…) na usługach wywiadu wojskowego, ponieważ kanał przez nich nadzorowany miał przede wszystkim ogromne znaczenie strategiczne. Stawia to, zwłaszcza Władysława Tarkowskiego, niedawnego powstańca styczniowego, w sytuacji dość dwuznacznej.
Drugim wydarzeniem opisanym przez Sienkiewicza jest powstanie mahdystów. Jego genezę opisują słowa pana Rawlisona: Rząd egipski nie zabrał tam nikomu wolności (…) ale ją setkom tysięcy, a może i milionom ludzi przywrócił. W Kordofanie, w Darfurze i w Sudanie nie było w ostatnich czasach żadnych państw niezależnych. Zaledwie tu i ówdzie jakiś mały władca rościł prawo do niektórych ziem i zagarniał je wbrew woli ich mieszkańców, przemocą. Przeważnie jednak były one zamieszkałe przez niezawisłe pokolenia Arabo-Murzynów, to jest przez ludzi mających w sobie krew obu tych ras. Pokolenia te żyły w ustawicznej wojnie. Napadały na siebie wzajem i zabierały sobie konie, wielbłądy, bydło rogate i przede wszystkim niewolników. Popełniano przy tym wiele okrucieństw. Ale najgorsi byli kupcy polujący na kość słoniową i niewolników.
Utworzyli oni jakby osobną klasę ludzi, do której należeli wszyscy niemal naczelnicy pokoleń i zamożniejsi kupcy. Ci czynili zbrojne wyprawy daleko w głąb Afryki, grabiąc wszędy kły słoniowe i chwytając tysiące ludzi: mężczyzn, kobiet i dzieci. Niszczyli przy tym wsie i osady, pustoszyli pola, przelewali rzeki krwi i zabijali bez litości wszystkich opornych. Sienkiewicz pominął fakt, iż powstanie miało przede wszystkim charakter niepodległościowy i było skierowane przeciwko najeźdźcom. Autor powieści sugerował, że dołączający się do Mahdiego wojownicy robili to dla korzyści materialnych, swawoli czy zamiłowania do mordów. Tak naprawdę powstanie cieszyło się powodzeniem, ponieważ życie w Egipcie w tamtych czasach przypominało wegetację. Udział w walkach był tak naprawdę dla nich szansą na oswobodzenie się spod opresji brytyjskiej. Sam Mahdi został przedstawiony w powieści jako ucieleśnienie zła. W historii zapisał się on zupełnie inaczej. Muhammad Ahmad ibn Abd Allach pochodził z biednej rodziny. Jako dziecko przejawiał wielkie zainteresowanie Koranem i teologią Islamu. Jako szesnastolatek nauczał już innych sekretów tej religii wędrując po pustyni. Z czasem do swoich przypowieści zaczął wplatać wątki niepodległości Egiptu, co przysporzyło mu rzesze zwolenników.
W 1881 roku utworzył coś na kształt armii religijnej. Siebie nawał wówczas „Al-Mahdi” (wyzwoliciel). Z czasem rozpoczął walkę o oswobodzenie Egiptu i Sudanu. Aby tego dokonać konieczne było zdobycie Chartumu, bronionego przez generała Gordona. 25 stycznia 1885 roku mahdyści dokonali tego zadania. Niedługo po tym jednak Mahdi zmarł, prawdopodobnie na tyfus w wieku czterdziestu jeden lat. Do historii Egiptu i Sudanu przeszedł jako wybitny wódz, działacz religijny, patriota i organizator niezależnej państwowości, pisze Kot. Zupełnie inaczej ukazuje go Sienkiewicz, który sympatyzował z Brytyjczykami. Przedstawił go w swojej powieści jako grubego i obłudnego prostaka. W rzeczywistości był on ascetą, a prowadząc taki tryb życia raczej nie był opasły.