Po przeczytaniu Mistrza i Małgorzaty niektórzy z odbiorców mogą dojść do zdania, że tytuł ten niezupełnie pasuje do treści dzieła. Na pierwszy rzut oka wydaje się, że utwór stanowi opowieść o uczuciu dwójki ludzi i ich losach. Jednak po zaznajomieniu się z treścią odkrywamy, że Mistrz i Małgorzata są bohaterami tytułowymi, ale w cale nie głównymi w powieści.
Tytuł ten zawiera pewien wydźwięk satyryczny. Nie znając treści utworu odbiorca nie zdaje sobie sprawy, że tytułowy „Mistrz” to tak naprawdę pacjent zakładu psychiatrycznego, a Małgorzata, mimo iż jest w nim szaleńczo zakochana (z wzajemnością), sama nadała mu taki pseudonim. Ci, którzy nazywali bohatera mistrzem nie zdawali sobie w zasadzie sprawy z tego, dlaczego właściwie to robią. „M”, które zdobiło jego czapkę miało sygnalizować pozostałym pacjentom kliniki, z kim mieli do czynienia. Co więcej, w całej powieści nie pojawia się prawdziwe imię ani nazwisko tego bohatera.
Wątek miłości dwójki tytułowych bohaterów jest swoista klamrą, która spina wszystkie pozostałe obecne w dziele. Oddanie tytułu Mistrzowi i Małgorzacie jest sygnałem danym czytelnikowi od Bułhakowa, że to miłość jest rzeczą najważniejszą. Uczucie, jakie stworzył pomiędzy dwójką tytułowych bohaterów jest czyste, silne, motywujące, wręcz absolutne. To w imię miłości i wiecznego szczęścia Mistrz i Małgorzata oddają swoje życia.