Wbrew tytułowi powieści wątek miłosny nie jest najważniejszy w utworze. Para kochanków weszła do powieści z opóźnieniem, wtedy, kiedy Bułhakow uświadomił sobie, że Mistrz i Małgorzata nie będzie tylko jedną z jego powieści, ale dziełem, które zamknie wszystko – cały jego dotychczasowy dorobek pisarski.
Mistrz jest postacią niejednoznaczną. Chce nieść ludziom swoją prawdę, ale zostaje wyśmiany, oczerniony, uwięziony i skazany na cierpienie. Podobnie jak Jeszua, umierając, odradza się do nowego istnienia. Natomiast paląc swój rękopis i sprzeniewierzając się temu powołaniu jest także Piłatem. Ma też w sobie coś z Fausta – ale jest Faustem słabym. To nie on, ale Małgorzata spiskuje z diabłem, walcząc o jego, Mistrza, ocalenie. Postać Małgorzaty jest hołdem dla kobiety-Rosjanki, która dla ukochanego zapuszcza się, gdy trzeba, aż na samo dno piekła. Ale tradycja zostaje odwrócona – oddanie się Małgorzaty diabłu powinno przynieść jej mękę, rozterkę, widmo potępienia. Tymczasem nie następuje absolutnie nic, i Bułkakow to wyraźnie podkreśla na kartach powieści. Ma to dwie przyczyny: po pierwsze, Małgorzata jest niejako „opancerzona” miłością i szatan nie jest w stanie nic jej zrobić, po drugie, sam szatan okazuje się być postacią nieszkodliwą.
Miłość dwojga bohaterów jest siłą pierwotną, ogromną i porażającą. Nic nie jest w stanie jej zniszczyć. Jest dla nich wartością podstawową, taką, która nadaje sens wszystkiemu innemu. Szczytem szczęścia jest dla nich przebywanie ze sobą, możliwość wzajemnego cieszenia się swoją obecnością.