Siła i ponadczasowość dzieła Bułhakowa polegają na tym, że wciąż można odczytywać je na wiele różnych sposobów. Jednym z nich jest pojmowanie Mistrza i Małgorzaty jako traktatu o wolności w różnych jej wymiarach.
Pisarz ukazał w powieści zniewolone miasto. Moskwa lat trzydziestych to miejsce, w którym wszystko i wszyscy są kontrolowani przez totalitarną władzę. W konsekwencji mieszkańcy stolicy Rosji pozbawieni zostali swoich elementarnych swobód. Zniewolenie to doprowadziło do sytuacji zaniku podstawowych więzi społecznych, takich jak przyjaźń, solidarność, koleżeństwo, dobre sąsiedztwo czy nawet miłość. Bułhakow nie widział jednak wyjścia z tej sytuacji. Dlatego też jedyną drogę do wolności dla swoich bohaterów widział w śmierci i przejściu na inny świat.
Ponadto utwór zawiera również postulat konieczności istnienia wolności słowa i twórczości. Widać to poprzez sytuację mistrza, któremu Massolit zabrania wręcz pisania o postaciach biblijnych, ponieważ państwo rosyjskie nakłaniało ludzi do ateizmu. Chęć tworzenia w zgodzie z własnymi przekonaniami i rzetelną prawdą były u mistrza tak silne, że doprowadziły go do załamania nerwowego. Bułhakow dał jasno do zrozumienia, iż nikt, żaden cenzor czy wydawca, nie ma prawa zabraniać twórcy tworzyć. Narzucanie artyście tematu, stylu czy formy godziło w ducha sztuki i wartości humanistyczne.
Wolność objawia się też w zachowaniu Małgorzaty. Kobieta, która od ponad dziesięciu lat tkwiła w nieszczęśliwym, związku małżeńskim, nie wahała się ani chwili, żeby porzucić dostatnie życie, kiedy poznała mistrz – miłość swojego życia. Bohaterka odrzuciła wszelkie konwenanse i podążała za głosem własnego serca. W ten sposób przejawiła swoją wolność obyczajową, postępując niczym Anna Karenina z powieści Lwa Tołstoja.