Opowieść o niezwykłej Akademii pana Kleksa jest głównym wątkiem powieści Jana Brzechwy. Jej narratorem jest dwunastoletni Adaś Niezgódka, uczeń pana Kleksa, który w pamiętniku stara się opisać to, co dzieje się w szkole, w której uczy się od sześciu miesięcy.
Akademia jest miejscem niezwykłym, w którym chłopcy uczą się kleksografii, przędzenia liter i leczenia chorych sprzętów. Wykładowcą jest pan Kleks – mężczyzna niezwykły, dobry i kochający swych uczniów. Chłopcy często odwiedzają sąsiednie bajki i spędzają miło czas. Wszystko zmienia się z chwilą, kiedy fryzjer Filip żąda od pana Kleksa, aby umieścił w szkole jego dwóch synów, Anatola i Alojzego. Od tego dnia Akademia zmniejsza się, a pan Kleks staje się roztargniony.
Pewnej nocy fryzjer przyprowadza do szkoły dwóch chłopców, z których jeden, Alojzy, okazuje się być lalką. Pan Kleks nie może jednak usunąć lalki z Akademii i postanawia nauczyć ją wszystkiego. Alojzy okazuje się nieprzeciętnie inteligentny i po paru dniach nie różni się niczym od pozostałych uczniów. Jest jednak bardzo złośliwy i dokucza kolegom. Przepędza gości pana Kleksa, którzy zjawili się w Akademii, aby wysłuchać opowieści o księżycowych ludziach.
Wkrótce chłopcy uświadamiają sobie, że ich pobyt w szkole dobiega końca. W Wigilię pan Kleks urządza pożegnalną kolację, którą przerywa nagłe pojawienie się Alojzego. Lalka, korzystając z nieuwagi mężczyzny, przedostała się do jego sekretów i zniszczyła je. Pan Kleks demontuje Alojzego, czym wzbudza gniew Filipa. W tym momencie wszyscy chłopcy opuszczają budynek Akademii, a Adaś budzi się w pokoju. Pan Kleks żegna się ze swoim ulubieńcem i zamienia się w guzik, który umożliwia Mateuszowi odzyskanie ludzkiej postaci.
Okazuje się jednak, że szpak nie był księciem, lecz autorem opowieści o panu Kleksie, którą opowiedział Adasiowi i w prawdziwość której chłopiec uwierzył.