Szpak Mateusz
Mateusz jest szpakiem, ulubieńcem pana Kleksa i jego zastępcą podczas lekcji. Potrafi mówić i choć wypowiada końcówki wyrazów wszyscy uczniowie doskonale go rozumieją. Według historii, którą opowiedział Adasiowi Niezgódce, jest księciem i następcą tronu potężnego władcy, który zamienił się w ptaka, ratując się przed zemstą wilków. Od wielu lat szuka guzika od czapki bogdychanów, dzięki któremu może odzyskać ludzką postać.
Pod koniec opowieści o Akademii pana Kleksa Mateusz przemienia się w eleganckiego, czterdziestoletniego pana o szpakowatych włosach, który jest autorem historii o panu Kleksie.
Filip
Filip jest fryzjerem, pracującym w mieście i dostarcza piegi panu Kleksowi oraz strzyże uczniów z Akademii. Jest mężczyzną tajemniczym, złowrogim i niesympatycznym. Okazuje się, że przed wieloma laty dał panu Kleksowi pieniądze na otworzenie szkoły. Z zamiłowania jest konstruktorem – to on tworzy mechaniczną lalkę, którą podstępnie wprowadza do Akademii i programuje ją tak, aby była złośliwa i niegrzeczna. Jest jedyną osobą, której obawia się pan Kleks. Filip przyczynia się do ostatecznego zniszczenia Akademii.
Ponadto w powieści Jana Brzechwy występuje bohater zbiorowy, którym są uczniowie Akademii pana Kleksa – chłopcy w wieku Adasia Niezgódki, których imiona rozpoczynają się na literę A. Są niezwykle grzeczni, chętnie uczą się i wypełniają powierzone sobie obowiązki.