Akademia mieściła się na samym końcu ulicy Czekoladowej i zajmowała duży trzypiętrowy gmach, zbudowany z kolorowych cegiełek. Na trzecim piętrze przechowywane były tajemnicze i nikomu nie znane sekrety pana Kleksa. Nikt nie miał prawa tam wchodzić. Nie prowadziły tam też żadne schody, a pan Kleks dostawał się tam przez komin.
Na parterze mieściły się sale szkolne, w których odbywały się lekcje, na pierwszym piętrze znajdowały się sypialnie i wspólna jadalnia, a na drugim piętrze mieszkał w jednym pokoju pan Kleks z Mateuszem. W sypialni tej znajdowały się dwa łóżeczka, nie większe od pudełek od zapałek. W jednym spał Kleks, który o północy zmieniał się w niemowlę, a w drugim ptak.
Akademia mieściła się w ogromnym parku, pełnym rozmaitych dołów, jarów i wąwozów. Otoczona była wysokim murem. Nikomu nie wolno wychodzić poza jego obręb bez pana Kleksa. Mur od strony ulicy wydawał się normalny. Natomiast od strony parku mieściły się w nim żelazne furtki, pozamykane na małe srebrne kłódeczki.
Wszystkie bramki prowadziły do rozmaitych sąsiednich bajek, z którymi pan Kleks był w bardzo dobrych i zażyłych stosunkach. Na każdej furtce znajdowała się tabliczka z napisem wskazującym, do której bajki prowadzi.
Park otaczający Akademię wydawał się nie mieć końca, dlatego był miejscem ciekawych zabaw. Można tam było spotkać: sędziwe dęby, wiązy i graby, kasztany i tulipanowce, które rzucały gęsty cień na liczne jary i wąwozy. Dziko rosły tam krzewy, pokrzywy i łopuchy, krzaki dzikich malin i jeżyn, bujne zarośla i wszelkiego rodzaju zielska. Tworzyły one gąszcz nie do przebycia, utrudniając dostęp do grot i pieczar, których pełno było w jarach i ścianach rozpadlin. Niektóre części parku przypominały dżunglę, gdzie ludzka noga nie postała od wielu lat i skąd po nocach dolatywały tajemnicze odgłosy i szumy.
Sypialnia uczniów była bardzo obszerna. Wzdłuż ścian biegły umywalnie i każdy z nich miał swój własny prysznic. Zamiast zwykłej wody z kranów leciała woda sodowa, która codziennie miała inny smak. Soki doskonale się mydliły i dawały dużo piany, dlatego sypialnia zawsze z rana wyglądała jak wielka balia z mydlinami.
Z kolei na środku jadalni stał duży okrągły stół, przy którym każdy uczeń miał swoje stałe miejsce. Szyby w oknach były różnokolorowe, co bardzo podnosiło smak potraw.
Ciekawym miejscem w Akademii był położony na drugim piętrze szpital chorych sprzętów. Przypominał rupieciarnię - były tam fotele bez nóg, tapczany bez sprężyn, popękane lustra, zepsute zegary, wypaczone stoły, powykrzywiane szafy, dziurawe krzesła i mnóstwo rozmaitych innych zniszczonych sprzętów. Każdy sprzęt trzeszczał lub skrzypiał. Na widok pana Kleksa krzesła i stołki z radości tupały nogami, a zegary pojękiwały zepsutymi sprężynami.
Inne osobliwości można było spotkać w kuchni. Wzdłuż jednej ściany stały tam na długich stołach blaszane puszki, wypełnione szkiełkami przeróżnych barw i odcieni. Po przeciwległej stronie umieszczone były naczynia z jadalnymi farbami oraz ogromny zbiór najdziwaczniejszych pędzli i pędzelków.
Na oknach stały drewniane skrzynki z jaskrawymi kwiatami, wśród których przeważały nasturcje i pelargonie. Pośrodku kuchni wznosił się wielki stół z metalowym blatem. Stał na nim pękaty szklany słój, napełniony płomykami świec oraz mnóstwo małych słoików z kolorowym proszkiem.
Na koniec bajki Akademia zaczęła się coraz bardziej kurczyć. Kurczył się także mur i park. Gmach Akademii przemienił się w klatkę, w której siedział zamyślony Mateusz. W miejscu gdzie przypadał park, leżał piękny zielony dywan, haftowany w drzewa, krzaki i kwiaty. Tam, gdzie był mur, stała biblioteka, a furtki w murze zamieniły się w grzbiety książek, na których wyciśnięte były złotymi literami ich tytuły.