Okres okupacji hitlerowskiej państwo Makuszyńscy przeżyli w Warszawie. We wrześniu 1939 roku, podczas nalotów, jedna z bomb zniszczyła dom, w którym mieszkali. Stracili wówczas całą bibliotekę, rękopisy utworów pisarza i kolekcję obrazów. Podczas walk powstańczych zaginęło pięć książek Makuszyńskiego, przygotowanych już do druku. Pani Janina zdołała uratować rękopisy dwóch powieści, napisanych w pierwszym roku wojny: „List z tamtego świata” i „Szaleństwa panny Ewy”.
Po upadku Powstania Warszawskiego zostali wywiezieni do Opoczna, a stamtąd udało im się szczęśliwie przedostać do Zakopanego. W mieście tym pisarz spędził ostatnie lata życia, mieszkając w willi „Opolanka” przy ulicy Tetmajera 15. Schorowany i udręczony wojennymi przeżyciami porzucił pracę twórczą i powoli popadł w zapomnienie. Do końca swych dni starał się jednak odpisywać na listy od czytelników i wielbicieli swoich książek, które napływały z całego kraju.
Zmarł 31 lipca 1953 roku. Mieszkańcy Zakopanego urządzili mu pogrzeb z góralskimi honorami, a kapela Obrochtów grała „Sabałową nutę”. Pożegnanie Kornela Makuszyńskiego opisał Włodzimierz Wnuk w książce „Ku Tatrom”. Pisarz został pochowany na Pęksowym Brzyzku – zakopiańskim Cmentarzu Zasłużonych. Jeden z jego przyjaciół powiedział wówczas:
Był dobrym człowiekiem. Był jednym z tych, którzy dobroć utożsamiali z mądrością, a talent z charakterem, którzy wiedzieli, że nie można być wielkim pisarzem będąc złym człowiekiem.