W akcji utworu można wyróżnić kilka wątków, które przewijają się przez całą fabułę dzieła. Ze względu na ich ważność dla konstrukcji dzieła należy je podzielić na wątki główne i poboczne.
WĄTKI GŁÓWNE
1. wątek miłosny – najważniejszy i najbardziej znaczący w dziele, zaznaczający się wyraźnie we wszystkich księgach. Zarzewiem konfliktu między rodami była miłość Jacka Soplicy do Ewy Horeszkówny. Zakończona nieszczęśliwie i nigdy niespełniona doprowadza Jacka do zbrodni, a w następstwie do przywdziana habitu bernardyna. Najważniejsza miłość w dziele to jednak rodzące się uczucie między potomkami Ewy i Jacka, Zosią i Tadeuszem, mające tym szczęśliwy finał i kończące spór między rodzinami.
2. wątek narodowo – wyzwoleńczy (patriotyczny) – to przewijające się informacje o zbliżającej się wojnie z Moskalami i nadzieje na wyzwolenie ojczyzny spod jarzma zaborcy. Istotnym czynnikiem staje się próba wywołania powstania na Litwie, której podejmuje się ksiądz Robak. Świadectwo świetności dawnej Polski to narodowa tradycja i obyczajowość, tak bardzo podkreślana w życiu szlachty. Pamięć o narodowych bohaterach i wolnej ojczyźnie jest ciągle żywa w myślach bohaterów dzieła.
3. spór o zamek – pojawiający się już w pierwszej księdze dzieła. Jest jednym z powodów konfliktu między Horeszkami i Soplicami, którzy dostali po Targowicy część ziem Stolnika. Po latach zjawia się daleki krewny Horeszki, który postanawia odzyskać swoje dziedzictwo. W tym samym czasie zamkiem zaczyna interesować się Sędzia i to doprowadza do procesu o stary zamek. Po wielu perypetiach, kłótniach i zrywaniu ugody, spór o zamek kończy się w poprzez zawarcie małżeństwa między dziećmi zwaśnionych rodzin – Tadeuszem i Zosią.
WĄTKI POBOCZNE
1. spór o Kusego i Sokoła – humorystyczne ujęcie konfliktu między Rejentem a Asesorem, którzy zaciekle i kilkakrotnie kłócą się o to, czyj pies jest lepszy. Próby ustalenia, który chart jest szybszy na polowaniu kończą się zazwyczaj niepowodzeniem i coraz większą zajadłością obu stron. Rozwiązaniem sporu jest pościg za zającem w finałowej części utworu, podczas którego okazuje się, że oba psy są równie dobre.
2. romans Telimeny i Tadeusza – nawiązany w wyniku pomyłki Tadeusza, opierający się na wzajemnych zalotach i umizgach. Po tym, jak Tadeusz rozumie swój błąd, Telimena nie zamierza zrezygnować z niego i zarzuca mu, że ją uwiódł. Początkowo nie godzi się również na zaręczyny młodzieńca ze swoją wychowanicą, Zosią. Ostatecznie Tadeusz zostaje mężem Zosi, a Telimena żoną Rejenta.
3. zaloty Hrabiego i Telimeny – Hrabia zwraca uwagę na powabną kobietę, łączą ich wspólne zainteresowania i poglądy. Przed wyjazdem Hrabiego, Telimena daje mu swoją wstążkę, którą on przypina do swojego ubrania. Telimena jednak nie jest stała w uczuciach i szybko zwraca się ku Rejentowi. Kiedy Hrabia widzi ją jako narzeczoną innego, zarzuca jej niestałość, a ona chce porzucić Rejenta, jeśli tylko Hrabia natychmiast się z nią ożeni. Hrabia jednak odmawia.
gra Jankiela na cymbałach – scena finalna Pana Tadeusza. Jankiel, mistrz gry na cymbałach, daje popisowy koncert, a muzyka staje się tłem dla opowieści o przeszłej historii Polski. Jankiel w dźwiękach zamyka historię Konstytucji 3 Maja i Sejmu Czteroletniego, Targowicy, rzezi Pragi, powstanie legionów i marszu Dąbrowskiego do ojczyzny.