Władzom carskim przeszkadzał przede wszystkim język. To polska mowa była przecież nośnikiem narodowych zwyczajów, tradycji i idei patriotycznych. W języku zachowane były fakty historyczne z dziejów Polski i duch narodu. O ile jednak trudno o wynarodowienie starszej części społeczeństwa, o tyle szkoła stanowiła doskonałe pole do pracy dla rusyfikatorów – jak sądziły carskie władze.
Już w Owczarach Marcinek Borowicz styka się z zakazem mówienia po polsku. Wiechowski wykonuje swoją syzyfową pracę, wpajając polskim dzieciom obcy alfabet, gramatykę, tradycje, a nawet zwyczaje religijne. Katolicyzm jest dyskryminowany równie silnie, co polskość. Gorliwy wobec władz nauczyciel uczy czytania i pisania po rosyjsku, wytrwale wpaja uczniom słowa i melodię pieśni cerkiewnej, podczas lekcji z Marcinem Borowiczem używa jedynie rosyjskiego. Jednak nawet tak małe dzieci, jak w wiejskiej szkółce u Wiechowskiego, nie ulegają rusyfikacji. Uczniowie odczuwają wszystko, co rosyjskie, jako obce. Tylko język rodziców, rodzime tradycje, święta Kościoła Katolickiego – są małym Polakom bliskie i zrozumiałe. Podobnie reaguje okoliczna ludność wiejska, czyli rodzice dzieci. Podczas wizytacji dyrektora Jaczmieniewa rodzice skarżą się na nauczyciela. Ujawnia się wtedy ich zacofanie, nieświadomość realiów politycznych, zupełne niezrozumienie własnej sytuacji jako narodu bez państwa.
Podobny przykład działania rusyfikacji podaje Żeromski w dalszej części książki. Inspektor Sieldiew wpada we wściekłość po egzaminie gimnazjalnym i zwraca się do zgromadzonych rodziców:
Należy zrzucić pychę z serca i zabrać się do reformy. Wtedy dopiero dziecko może być przyjęte [...]. Należy jeszcze mówić z nimi [dziećmi] w domu po rosyjsku. Oto, jaka reforma przeprowadzona być musi! Pan wymagasz, żebyśmy przyjmowali pańskich synów do szkoły rosyjskiej, a sam nie umiesz czy nie chcesz mówić po rosyjsku, i do mnie, zwierzchnika tej szkoły, w murach jej ośmielasz się mówić jakimś obcym językiem! Pomyśl pan, czy to nie jest skandal?Gdy w odpowiedzi od rodzica inspektor słyszy:
To nie jest bynajmniej skandal, jeżeli ja, nie posiadając żadnego obcego języka, przemawiam do pana inspektora tym, jaki umiem...,Rosjanin używa groźby:
Język rosyjski tu, w tym kraju, nie jest językiem obcym, jak się panu wyrażać podoba... Za pozwoleniem... pańskie nazwisko?Celem rusyfikatorów jest zatem całkowicie wyplenić polskość w narodzie; zmusić społeczeństwo, by nawet w domach mówiło po rosyjsku, by zapomniało o własnej historii, a przede wszystkim o wolności.
Zasady panujące w gimnazjum w Klerykowie są w pełni oparte na metodach rusyfikacji młodych Polaków. Najpierw okazuje się, że przy rekrutacji nie jest ważny faktyczny poziom wiedzy kandydatów, ale ich pochodzenie. Dzieci rosyjskie od razu mają zapewniony wstęp do szkoły. Podobnie jest z zamożnymi (szlachtą, a nawet bogatymi chłopami) oraz z lojalnymi caratowi Żydami. To dlatego pani Borowiczowa zapisuje syna na korepetycje u egzaminatora. Jest to jedyna szansa dla Marcina. Oczywiście nauczyciel nieuczciwie przyjmuje sumę z góry, ale młody Borowicz zostaje wpisany na listę uczniów. Nauka języka rosyjskiego jest w szkole priorytetem. W tym języku prowadzone są wszystkie przedmioty. Nawet na przerwach gimnazjaliści mają zakaz używania polskiej mowy.
Język polski jest natomiast nadobowiązkowy, prowadzony w godzinach rannych, i polega raczej na tłumaczeniu tekstów na język rosyjski. W dodatku nauczyciel, pan Sztetter, jest tak zastraszony przez rusyfikatorów, że w ogóle nie przykłada się do lekcji, omija drażliwe (czyli polityczne) tematy, nie wspomina nawet o liście zakazanych lektur – rzeczywiście była to lista największych dzieł rodzimej literatury.
Życie kulturalne w gimnazjum ogranicza się do rosyjskich sztuk teatralnych, na które chłopcy są zachęcani słodyczami, rozmową z osobistościami, pochwałą u wychowawcy. Zupełnie nie jest ważny poziom artystyczny tych sztuk. Marcin Borowicz, który na złość kolegom pojawia się na przedstawieniu, nie rozumie jeszcze prawdziwych motywów działania nauczycieli, wywyższających chłopca za jego obecność w teatrze. Jest to kolejna z metod ośmieszenia tego, co polskie, a gloryfikowania tego, co rosyjskie.
Nasilenie procesów rusyfikacyjnych następuje po zmianie władz szkoły. Kiedy stanowisko dyrektora obejmuje Kriestoobriadnikow, nauczyciele Polacy nie mają już szans na przemycanie polskich akcentów w edukacji. Zaczynają się przesunięcia na stanowiskach, kontrole uczniów w ich stancjach, zastraszanie zarówno gimnazjalistów, jak i kadry wykładowczej. Teraz jedynie ksiądz Wargulski ma odwagę przeciwstawić się despotycznym rozkazom rusyfikatorów.
W klasie VI uczniowie dzielą się na dwie grupy: Marcin Borowicz gromadzi wokół siebie czytelników literatury rosyjskiej i lojalistów wobec opiekuna Zabielskiego. Drugie ugrupowanie to „wolnopróżniacy”, którzy skupiają się na przyjemnościach, a promocje do następnej klasy zdobywają jak najmniejszym kosztem. Szkoła wykorzystuje fakt, że w wieku kilkunastu lat chłopcom potrzebne są dodatkowe zainteresowania, jakiś wspólny cel, wokół którego zbiera się grupa przyjaciół. Jedynym, co może zaproponować carskie gimnazjum, jest koło rusofilskie. Borowicz jest tu przykładem ucznia, który wpada w sidła rusyfikacji przez własną nieświadomość, dezorientację i potrzebę wsparcia się na jakimś autorytecie. Jest to czas, kiedy chłopakowi nie pomaga już matka, która zmarła na gruźlicę, ani też stary ojciec, oddalony od aktualnych zmian w życiu syna. Taki stan rzeczy przełamuje dopiero nowy uczeń w klasie, Bernard Sieger (Zygier). Od jednej lekcji polskiego zaczyna się już dojrzewanie Marcina do świadomości własnego położenia i manipulacji w szkole, a wkrótce do patriotyzmu.
Lekcje historii prowadzone tylko przez Rosjan okazują się zakłamanym wykładem, w którym Polska jawi się jako kraj obłudy, zła, zacofania, niezdolności do utrzymania własnej państwowości i kultury. Gimnazjaliści uczą się natomiast historii wspaniałej carskiej familii i osiągnięć potężnego i dobrego kraju ze stolicą w Moskwie. Wielu młodych Polaków nie słyszało ani nazwiska Mickiewicza, ani Słowackiego. Uczą się jedynie literatury rosyjskiej. Brakuje też dobrych lekcji matematyki, fizyki, przyrody – gdyż są to przedmioty, w których trudno stosować rusyfikację młodzieży, a poza tym rozwijają one wyobraźnię uczniów.
Żeromski przedstawia szkołę taką, jaką pamięta z lat młodości. Opisuje też moment, w którym młody człowiek dojrzewa do samodzielnego myślenia o świecie. Rusyfikatorzy nie przewidzieli, że ciągłe kontrolowanie tzw. prawomyślności, szpiegowanie uczniów, szerzenie donosicielstwa i stosowanie surowych kar cielesnych – odniosą odwrotny skutek. Wśród młodzieży zaczyna się ferment myślowy. Gimnazjaliści mają dość kłamstw i przemocy w szkole. W ostatnich klasach gimnazjum większość bohaterów Syzyfowych prac ma już wypracowane samodzielne sądy o rzeczywistości i metody walki z rusyfikacją. Okazuje się, że działanie na szkodę polskości w Klerykowie wydaje plon w postaci sporej liczby patriotów, opuszczających już mury szkoły.