Motyw młodości – bohaterami powieści Stefana Żeromskiego są przede wszystkim ludzie młodzi, uczniowie gimnazjum w Klerykowie. Chłopcy od najmłodszych lat muszą uczyć się samodzielności, poznają smak pierwszych smutków i radości, przeżywają chwile strachu i wzruszenia. Dojrzewają emocjonalnie popełniając błędy, które stanowią dla nich osobistą lekcję życia. Gimnazjaliści dorastają w latach szczególnie trudnych dla Polaków – po upadku powstania styczniowego. Muszą zmagać się z nałożonym im systemem nauczania, wzmożoną rusyfikacją. Ich czas w dużej mierze wypełnia szkoła. Główni bohaterowie „Syzyfowych prac” – Marcin Borowicz i Andrzej Radek przebywają długą i ciężką drogę, aby w końcu stać się prawdziwymi patriotami. Borowicz początkowo ulega rusyfikacji i przyjmuje postawę ugodową w stosunku do władz szkolnych. Dopiero lekcja języka polskiego sprawia, że chłopiec zaczyna czuć się Polakiem i pragnie poznać dzieje swojej ojczyzny. Andrzej Radek, syn biednego fornala, za swój życiowy cel stawia zdobywanie wiedzy, którą umożliwia mu korepetytor z dworu. W samotności uczy się patriotyzmu i jest świadomy swojej polskości. Młodość klerykowskich gimnazjalistów jest właśnie taką drogą do poznania i odnalezienia ojczyzny, którą muszą odkrywać na własną rękę, podczas tajnych spotkań i czytania zakazanych przez cenzurę szkolną książek.
Motyw ojczyzny – ojczyzna dla bohaterów powieści Stefana Żeromskiego jest czymś nieistotnym, nieznanym i niezrozumiałym. Gimnazjaliści, poddawani rusyfikacji, poznają Polskę przez pryzmat sfabrykowanych podręczników historii. Zmuszani do mówienia i myślenia po rosyjsku powoli zapominają o swoim pochodzeniu. Dopiero lekcja języka polskiego i śmiałe wystąpienie Bernarda Zygiera zmienia nastawienie polskiej młodzieży do pojęcia ojczyzny. Zaczynają poznawać historię i literaturę własnego narodu, dojrzewają do stawienia oporu uciskowi politycznemu i walki o wolność Polski.
Motyw patriotyzmu – bohaterowie „Syzyfowych prac” nie znają pojęcia patriotyzmu, ponieważ nie miał ich kto nauczyć, co oznacza miłość do ojczyzny, która znajduje się pod zaborami. Osamotnieni w szkole, odizolowani od wpływu domu rodzinnego nie potrafią utożsamiać się ze swoim narodem. Dopiero świadomość narodowa, którą budzi w sercach chłopców recytacja „Reduty Ordona”, uczy ich, z czym się wiąże patriotyzm.
Motyw przemiany wewnętrznej – przemiana wewnętrzna zachodzi w świadomości uczniów gimnazjum w Klerykowie. Poddawani wieloletniej rusyfikacji, nauczani w języku rosyjskim zaczynają myśleć w tym języku i ślepo wierzą w to, co przekazują im nauczyciele. W rzeczywistości nie znają prawdy o swojej ojczyźnie, nabierają wstrętu do wszystkiego, co polskie. Zmiana w ich pojęciu patriotyzmu zachodzi podczas lekcji języka polskiego, na której przybysz z Warszawy, uczestnik tajnych kółek samokształceniowych i przede wszystkim młodzieniec czujący się Polakiem, Bernard Zygier recytuje „Redutę Ordona”. Pod wpływem Zygiera młodzi chłopcy zaczynają chętniej czytać polską literaturę i pragną poznać prawdziwe dzieje swojego narodu. Zaczynają być świadomi dalszej drogi, jaką powinni podjąć, drogi wiodącej do wolnej Polski. Głęboka przemiana wewnętrzna zachodzi w głównym bohaterze „Syzyfowych prac” – Marcinie Borowiczu. Wrażliwy i osamotniony chłopak, pozbawiony pozytywnego wpływu domu rodzinnego, staje się łatwym celem dla rusyfikatorów. Pod wpływem inspektora Zabielskiego Marcin staje się zagorzałym rusofilem, zakłada kółko samokształceniowe, zachęcając kolegów do poznawania literatury rosyjskiej. Dzięki książkom, dostarczanym mu przez Rosjanina, z niechęcią odnosi się do wszystkiego, co kojarzy mu się z Polską. Wstrząsem staje się dla niego wysłuchana recytacja wiersza Mickiewicza, pod wpływem której przypomina sobie opowieść o zabitym przez Moskali powstańcu. Na lekcji języka polskiego Borowicz odkrywa swoją ojczyznę i zaczyna rozumieć, że jest Polakiem, który powinien walczyć o swoją narodowość. Dzieła polskich romantyków stają się dla niego swoistym katharsis – dzięki nim zaczyna rozumieć swoje błędy i utwierdza się w przekonaniu, że musi oprzeć się rusyfikacji.
Motyw rodziny – rodzina dla każdego młodego człowieka jest częścią świata, z którą powinien się utożsamiać i która powinna wpływać na ukształtowanie jego świadomości. Tego dobroczynnego wpływu rodziny są pozbawieni dwaj bohaterowie „Syzyfowych prac” – Marcin Borowicz i Andrzej Radek. Mały Borowicz, niezwykle zżyty z rodzicami, którzy dla jedynaka są zdolni do największych wyrzeczeń, traci kontakt z domem rodzinnym po śmierci matki. Pani Helena zawsze była wsparciem dla chłopca, jego pocieszycielką i ucieczką w trudnych chwilach. Po stracie matki chłopiec nie ma takiego wsparcia ze strony ojca, zapracowanego i troszczącego się wyłącznie o to, aby miał za co opłacić dalszą naukę syna. Zagubiony i osamotniony Marcin próbuje odnaleźć się w szkolnej rzeczywistości, nie radzi sobie z problemami w nauce. Jędrek Radek, syn biednych fornali z dworskich czworaków, nigdy nie mógł oczekiwać pomocy od rodziców. Niewykształceni chłopi nie rozumieli jego potrzeby uczenia się, zmuszali go do pracy od najmłodszych lat. Nie potrafił wybaczyć kar, które mu wymierzali za nieposłuszeństwo. Poniżany przez kolegów, którzy szydzili z jego biedy, chłopskiej gwary z czasem zaczyna wstydzić się własnych rodziców i wie, że musi się uczyć, żeby nie podzielić losu ojca i matki.
Motyw samotności – samotność jest nieodłącznym elementem, który towarzyszy uczniom klerykowskiego gimnazjum. Obojętni dla wykładowców – Polaków, którzy boją się o własne posady, nie mają wsparcia w szkolnych problemach. Część chłopców uczy się z dala od domów rodzinnych i nie ma kontaktów z rodzicami, co również wpływa na poczucie osamotnienia. Samotnym czuje się Marcin Borowicz, który nie potrafi odnaleźć się w szkolnej rzeczywistości, a po śmierci matki traci najbliższą sobie osobę. To samotność sprawia, że czuje się wyróżnionym przez inspektora Zabielskiego i bezwolnie poddaje się rusyfikacji. Samotność doskwiera Andrzejowi Radkowi, synowi fornala, poniżanemu przez kolegów za chłopskie pochodzenie. Aby ukoić to uczucie Jędrek szuka ucieczki w lekturze starych, wyrzuconych książek, dzięki którym poznaje dzieje i literaturę Polski. Osamotnionym jest Bernard Zygier, któremu władze szkolne uniemożliwiają kontakty z kolegami w obawie, że wygnaniec z Warszawy wpłynie na ich świadomość narodową. Poczucie odosobnienia ma Anna Stogowska, która w wieku czternastu lat musiała zająć się domem i młodszym rodzeństwem i której obowiązki uniemożliwiają kontakty towarzyskie. Dziewczyna czuje się samotna, ponieważ z racji pochodzenia zmuszana jest do bycia Rosjanką, a matka nauczyła ją nienawiści do tego kraju.
Motyw ucznia i mistrza – mistrzem i uczniem w powieści Stefana Żeromskiego są Antoni Paluszkiewicz i Andrzej Radek. Korepetytor paniczów zbudza zainteresowanie chłopskiego syna do książek i uczy chłopca czytania i pisania. Później za własne oszczędności umieszcza malca w progimnazjum i umożliwia mu dalszą naukę. Po śmierci „Kawki” Jędrek za wszelką cenę stara się ukończyć szkołę i marzy o studiowaniu. Pamięta słowa opiekuna, jego pragnienie zdobywania wiedzy, które staje się wyznacznikiem dalszej drogi Radka. Zupełnie inny charakter ma relacja Marcina Borowicza z inspektorem Zabielskim. Osamotniony chłopiec czuje wdzięczność za okazaną mu przez Rosjanina sympatię i staje się bezwolnym uczniem, który odpowiednio ukierunkowany przez mężczyznę, zaczyna poddawać się rusyfikacji. Z namowy Zabielskiego zakłada kółko miłośników literatury rosyjskiej, czyta książki szkalujące Polskę i nabiera wstrętu dla własnej narodowości. Na szczęście Borowicz w porę zaczyna rozumieć, czym dla niego powinna być ojczyzna i wyzwala się spod negatywnego wpływu inspektora.
Motyw Boga – Bóg dla osamotnionego Marcina Borowicza staje się oparciem w trudnych chwilach. Żarliwa pobożność osładza sieroctwo chłopca, który każdego dnia przed lekcjami idzie do kościoła, aby poprosić Stwórcę o drobne rzeczy, złożyć mu obietnice i ślubowania. Malec wierzy, że nie stanie mu się krzywda, ponieważ znajduje się pod szczególną opieką Niebios.
Motyw miłości niespełnionej – historia krótkiej miłości Marcina Borowicza do uczennicy gimnazjum żeńskiego, Anny Stogowskiej to opowieść o uczuciu niespełnionym i nieszczęśliwym. Młodzieniec zakochuje się w pannie tuż przed ukończeniem nauki w szkole i widuje ją zaledwie kilka razy. Nie może poznać osobiście dziewczyny, ponieważ „Biruta”, obarczona licznymi obowiązkami domowymi, nie bywa u żadnej z koleżanek. Marcin kocha ją, podziwiając jej urodę, delikatność i niezłomny charakter. Anna nie zwraca na niego uwagi, ponieważ nie flituje z chłopcami, mawiając, że nigdy nie wyjdzie za mąż. Uczucia Borowicza nabierają głębi, kiedy czyta wpis „Biruty” do sztambucha koleżanki. Wiosną, na kilka tygodni przed egzaminami maturalnymi, dochodzi do kilku spotkań młodzieńca z ukochaną – zupełnie przypadkowych, lecz uszczęśliwiających go. Okazuje się, że Anna czyta książki w pobliżu ławki, na której uczy się Marcin. Chłopiec jest oczarowany piękną dziewczyną, wpatruje się w nią z zachwytem. Pewnego dnia „Biruta” odwzajemnia jego spojrzenie i przez jakiś czas patrzą sobie głęboko w oczy, w ciszy. Nie padają żadne słowa wyznania, nie nawiązują ze sobą żadnego kontaktu, lecz dla obojga te chwile, w których wymieniają spojrzenia i uśmiechy są znaczące. Chłodna Stogowska zaczyna poznawać smak pierwszego zauroczenia, przed którym zawsze się broniła. Młodzi nie mają jednak szans rozwinąć swoich uczuć. Marcin wraca po wakacjach do Klerykowa, aby jeszcze raz ujrzeć ukochaną, lecz wtedy okazuje się, że Anna musiała wyjechać z ojcem do Rosji.
Motyw chłopa i wsi – Stefan Żeromski w „Syzyfowych pracach” ukazał rozwarstwienie i biedę polskiej wsi w ostatnich latach XIX wieku. Marcin Borowicz, wędrujący z dubeltówką po okolicy Gawronek, widzi ubogiego chłopa, Lejbę Koniecpolskiego, który zapłakany chodzi między dojrzewającymi zbożami. Lejba należy do najbiedniejszych ludzi we wsi. Nie ma konia, a grunt uprawia zaprzęgając do pługa pożyczoną krowę lub zaprzęgając siebie do brony. Zimą skupuje stare buty i wyrabia z nich drewniane trepy z rzemieniami. Latem przymiera z głodu, wędruje do miasta po chleb, który następnie sprzedaje sąsiadom, zarabiając na tym grosze. Wczesną jesienią zostaje sam z rodziną we wsi, ponieważ nie może iść z sąsiadami za zarobkiem i są to najtrudniejsze dni dla biednego chłopa. Zupełnie inaczej żyje najbogatszy chłop w Bukowcu, Scubioła. Posiada on kilkaset morgów ziemi, ogromne stado bydła i zamożny dom. Udziela pożyczek biednym wieśniakom, a procent odbiera w postaci płodów rolnych, a w ostateczności jako odrobek na jego polach. Zdarza się, że zabiera cały dobytek dłużnika. Sam jednak chodzi w połatanej i brudnej koszuli. Z rodziny chłopskiej pochodzi Jędrek Radek. Syn ubogich fornali ma jednak szansę na lepszą przyszłość niż jego rodzice i dlatego z takim uporem zamierza się uczyć, a później studiować. Jędrek wstydzi się swego pochodzenia, czworaków, w których dorastał i gwary chłopskiej, którą mówi. Wyszydzany przez kolegów, czuje się gorszym od nich, choć w rzeczywistości jest uczniem zdolnym i pilnym.
Motyw miasta – Stefan Żeromski na przykładzie mieszkańców Klerykowa ukazał postawę społeczeństwa polskiego wobec rządów zaborcy po upadku powstania styczniowego. Klerykowianie przyjmują stanowisko ugodowe wobec Rosjan, często stają się lojalni, obawiając o własne posady. Są obojętni na metody rusyfikacji przeprowadzane w gimnazjum. Uczestniczą w uroczystościach narodowych ku czci rodziny carskiej. Radca Grzebicki ze wzruszeniem i nostalgią wspomina czasy sprzed roku 1830 i wjazd cara do Warszawy oraz koronację na króla polskiego. Taka postawa wynika z obojętności wobec spraw polskich i przyzwyczajenia do największych dziwactw, wprowadzanych przez Rosjan. W okresie wzmożonej rusyfikacji Kleryków przeżywał epokę imigracji rosyjskiej. Zmieniano nazwy ulic na rosyjskie, zamykano polskie instytucje, a społeczeństwo klerykowskie biernie przyjmowało te zmiany.
Motyw syna – Marcin Borowicz ogromną miłością darzy swoją matkę. Kobieta, rozpieszczająca jedynaka i spełniająca wszystkie jego potrzeby, jest jego powierniczką, pocieszycielką i mobilizacją do osiągania szkolnych sukcesów. Jedną z najpiękniejszych i niezwykle lirycznych scen powieści jest powrót chłopca z panią Heleną do domu na Zielone Świątki. Malec wzruszony bliskością matki, zapytany, czy zawsze będzie kochał mamę, w odpowiedzi wybucha płaczem. W pewnej chwili wyskakuje z bryczki, zrywa pęk kwitnących bzów z pobliskiej kapliczki i składa je na kolanach matki. Po śmierci Borowiczowej chłopiec, będący jeszcze dzieckiem, nie odczuwa początkowo straty. Dopiero później, w chwilach, kiedy nie ma osoby, która zawsze była jego wsparciem, zaczyna rozumieć jak bardzo opustoszał jego świat. Zupełnie inne relacje łączą z rodzicami Andrzeja Radka. Chłopiec wstydzi się swego pochodzenia, życia w czworakach tak bardzo, że woli kłamać, iż jest sierotą niż przyznać się, że jest synem biednych fornali. Rodzice Jędrka nie byli w stanie pomóc mu finansowo i nie rozumieli potrzeby kształcenia się, która zrodziła się w duszy syna pod wpływem Antoniego Paluszkiewicza. Po czterech latach nauki w progimnazjum do Pajęczyna Dolnego wraca obcy im człowiek, z którym wiążą ich jedynie więzy krwi i na którego patrzą ze zdumieniem.